本病應與功能性雜音、肺動脈瓣狹窄、肺靜脈異位引流、室間隔缺損等鑑別。
1.功能性雜音其收縮期雜音較短，無固定性第二音分裂以及心電圖、X線檢查和心臟超聲可幫助鑑別。
2.肺動脈瓣狹窄雜音響亮、呈噴射性，常伴震顫，P2減低或缺如，X線可見肺紋理稀少，肺野清晰，右心導管檢查可發現右心室與肺動脈間有收縮期壓差。
3.肺靜脈異位引流下文敘述。
4.室間隔缺損雜音位置較低，多伴有震顫，除右心室肥大外，左心室亦常肥大，心臟超聲及右心導管檢查有助診斷。
5.原發孔未閉與繼發孔未閉的臨牀表現極爲相似。房間隔缺損患者心尖部聞及反流性收縮期雜音，心電軸左偏，P-R間期延長或伴不完全性右束支傳導阻滯，應高度懷疑原發孔未閉。二維超聲或右心導管檢查示缺損的部位較低，接近三尖瓣口附近。右心房血氧含量增高，右心室更高，多普勒彩超或心血管造影可明確房室通道或二尖瓣關閉不全等改變。
6.房間隔缺損合併畸形(1)Lutembacher綜合徵：即房間隔缺損合併二尖瓣狹窄，心血管造影可確診。
(2)房間隔缺損合併肺動脈口狹窄(法洛三聯症)：10%～15%房間隔缺損合併肺動脈口狹窄。肺動脈瓣區雜音響亮而粗糙，有震顫，P2減弱或消失。V1導聯R波多高於1.6mV，右心導管檢查可確診。
(3)房間隔缺損合併室間隔缺損：較單純性房間隔缺損嚴重，臨牀表現類似室間隔缺損伴肺動脈高壓。心電圖示雙心室增厚，心電軸多右偏。確診有賴於心導管檢查及心血管造影檢查。
(4)房間隔缺損合併肺靜脈異位引流：房間隔缺損中約15%合併肺靜脈異位引流。臨牀表現與房間隔缺損相似，但程度略重，確診有賴於心導管與心血管造影檢查。
(5)單心房：房間隔完全缺如，左右心房不分，血液混合，多有輕度發紺。臨牀表現與完全性心內膜墊缺損相似。心導管檢查左心房、右心房、雙心室、肺動脈、主動脈血氧濃度幾乎相等。多普勒彩超和心血管造影可助診斷。
