病因治療
及時選用適當的抗菌藥物是治療的關鍵。根據細菌培養及藥敏試驗選用有殺菌作用的抗生素。如G+菌選用青黴素類，產酶菌株選用新青黴素類或第一代頭孢菌素、林可黴素等;G-菌選用氨苄青黴素、核糖黴素或第2、3代頭孢菌素。在病菌不明確時可選用抗菌譜較寬的藥物。重症感染可聯合用藥，但應注意由此引起的菌羣紊亂及二重感染。爲儘快達到有效血藥濃度應採用靜脈途徑給藥。療程視血培養結果、療效、有無並症而異，一般7-14天，有併發症者應治療3周以上。
及病竈清除
局部有臍炎、皮膚化膿竈、口腔粘膜潰爛等應作相應處理，切斷感染源。
免疫治療
可直接補充新生兒血中的各種免疫因子及抗體，增強免疫功能，促進疾病恢復。方法包括多次小量輸入新鮮全血或血漿，換血療法，粒細胞輸注，以及免疫球蛋白、免疫核糖核酸治療等。
支持療法
臥牀休息，加強營養，補充適量維生素，保證熱卡供應。維持水、電解質及酸鹼平衡。必要時給予輸血、血漿、白蛋白和丙種球蛋白。高熱時可給予物理降溫。
對症治療
採用物理方法使患兒保持正常體溫。發紺時可吸氧。有循環障礙者應補充血容量並用血管活性藥物。煩躁、驚厥可用鎮靜止驚藥。有腦水腫時應用脫水劑。
單純的敗血症只要是治療得當，應該是沒有任何後遺症的，日後寶寶會像健康的孩子一樣茁壯成長。複雜的敗血症，例如合併腦膜炎、壞死性腸炎等，其後果，則視此器官被破壞的程度而有所不同，例如腦萎縮、水腦症、聽力障礙、消化吸收不良、營養不足或是長期腹瀉等。
