科學刷牙會清潔牙齒，保護牙齒健康。科學刷牙不但要求刷牙的方法科學，而且也要求選擇衛生無菌的牙刷，這樣才能保護牙齒不受侵害，若使用帶菌的牙刷，則易患上牙刷污染症。
牙刷刷毛排列過密，使用後頭朝下，不通風，常潮溼，易滋生細菌；牙刷天天接觸牙齒和口腔的角落，刷牙後，如未沖洗乾淨，很可能有病菌在牙刷的縫隙中隱藏：牙刷上或多或少遺留牙膏，又爲細菌的生長繁殖提供了優良條件。大量研究材料表明，連續使用2個月以上的牙刷，細菌培養結果存在多種致病菌，如葡萄球菌、溶血性鏈球菌、草綠色鏈球菌、肺炎球菌、肺炎桿菌、白色念珠菌等。牙刷裏的病菌常趁刷牙之際，使“病從口入”。
兒童一般抵抗力較弱，隱藏在牙刷裏的致病菌容易侵入體內，引起咽炎、扁挑腺炎、牙齦炎、口腔炎、上呼吸道感染，甚至肺炎、風溼熱、腎炎、腸炎、膿毒血癥及菌血症等。專家們發現，經久不愈的咽炎患兒，清洗、消毒牙刷或及時更換牙刷後，病情明顯改善。
因此，兒童每次刷牙完畢，須用流動的清水將牙刷上黏附的食物殘屑和牙膏沖洗乾淨，牙刷頭朝上置於通風乾燥處，儘量選購排列少（2~3排）的牙刷。
將洗淨的牙刷頭部全部浸沒在3%雙氧水裏30分鐘，每週1次。雙氧水分解釋放出來的原子氧能殺滅黏附、隱藏在牙刷裏的病菌，簡便有效且經濟。消除了牙刷上的污染，既達到了衛生牙刷的要求，又避免一些人在牙刷毛還沒有磨損或捲曲時一兩個月換一把新牙刷的浪費現象。也可用醋或其他消毒液來浸泡牙刷。發現疾病時，需及時就診治療。
此外，當今市場上，打上“藥物”兩字的牙膏有許多，上面書寫的功效有防齲、脫敏、防酸、消炎、除垢、除臭、含氟等。藥物牙膏中的藥物成分並不多，且在口腔中停留時間較短，其治療牙病的作用是微平其微的。人的口腔內有大量細菌，其中有的是致病菌，更多的卻是無害而有益的。這兩類細菌常常共生共存、相互依存又相互制約，使口腔內微生物生態系統得以平衡。如果使用殺菌功效大的藥物牙膏，雖然能殺死致病細菌，同時也消滅了無害有益的細菌，使口腔內的細菌生態失衡，菌羣失調，由此會導致其他疾病。含氟的藥物牙膏在含氟量低的地區使用當然是很有益處的，但如在不缺氟的地區使用則會適得其反，使斑釉現象更爲嚴重。由上可知，選用藥物牙膏一定要有針對性，如果牙齒並無疾病，可用質量較好而不合藥物的牙膏；即使需用藥物牙膏的人，也不宜長期固定使用一種牌號的藥物牙膏，以免口腔內的細菌在一種藥物的反覆刺激後產生耐藥性。
