因爲化膿性腦膜炎是由細菌引起的，所以大劑量的使用抗生素是非常重要的。一般醫生會根據孩子感染的細菌選用敏感的藥物。抗生素應早期、足量、靜脈給予；並選擇透入腦脊液濃度較高的抗生素，以殺菌劑爲優選。規律、足量的使用藥物是治療的原則。一般認爲，抗生素的應用至患兒的症狀完全消失或基本消失；腦脊液檢查結果正常後的兩週左右。新生兒腦膜炎療程一般不少於3-4周。減低顱內的壓力，止住抽風，在治療中也是很重要的。父母或家人要與醫生配合，密切注意孩子的體溫、飲食，當病情需要禁食的時候，絕不可擅自給孩子進食；還要給孩子勤翻身，防止褥瘡的發生。
有些學者報道，在已存活的化膿性腦膜炎的孩子中可有30-40%的留有後遺症。一般而言，年齡越小，起病後未得到及時合理治療的；感染的細菌量多，以及有肢體癱瘓、抽風的患兒則預後差、死亡率高、後遺症也重。常見的後遺症爲智能低下、癲癇、腦積水、失明、失聽、肢體癱瘓、腦神經麻痹、行爲及性格障礙等主要是腦神經受損的症狀。有的孩子可留有耳聾、抽風、癱瘓。有的孩子可發生硬膜下積液，這是指在大腦外邊一種叫硬腦膜的下邊出現一些帶有細菌的液體。硬膜下積液可引起孩子體溫不退，抽風。硬膜下積液多見於嬰兒，可發生在化腦同時或出現症狀數小時或數日之後，多見於起病7-10天。只有10-15％的硬膜下積液有臨牀症狀。化腦病兒經過恰當治療不見好轉，或病情及腦脊掖改變逐漸好轉時忽又出現發熱、煩躁、意識障礙、頭痛、噴射性嘔吐及抽風，體徵見前囪膨隆、顱骨縫裂開、頭圍增大，即應疑有硬膜下積液，遇此情況應及時進行顱透光檢查，CT掃描，確認後進行前囪穿刺放液。
