近親結婚，由於雙方有共同的祖先，相同的基因（包括正常的和異常的）很多，而且親緣關係越近，相同的基因越多，其子代成爲純合子的機會就越大。我們每個人平均帶有6~10個有害基因，這些基因多爲隱性，在雜合（一對等位基因，一個是正常的，另一個是隱性致病基因，稱爲雜合）狀態下，一般危害不大。
一旦與帶有相同有害基因的人婚配，雙方就有可能將相同的有害基因同時傳遞給子女，使子女成爲隱性有害基因的純合子而呈現疾病。親緣關係越近，其子女患病的可能性也越大。目前已發現多種遺傳病，如先天性耳聾、小頭畸形、腦積水、脊柱裂、無腦兒、精神分裂症、先天性心臟病、癲癇、半乳糖血症等，在近親婚配的子女中發病率相當高。這些患兒的出生，不僅給家庭帶來了沉重的精神、經濟負擔，而且還影響到整個民族的人口素質。這些疾病在治療上都是很困難的，所以唯一的方法就是禁止近親結婚，防止患兒出生，減少發病率。
